Vor langer Zeit trieb ein neunschwänziges Fuchsungeheuer sein Unwesen. Die Menschen litten sehr unter seiner Gewalt. Nur der Hokage des Konoha Dorfes konnte dem Dämon einhalt gebieten, indem er der Dämon in der Körper eines Babys versiegelte, jedoch selbst bei der Ausübung der Technik starb.

12 Jahre sind vergangen. Naruto Uzumaki, in dessen Körper der Kyuubi versiegelt wurde, hat nur ein Ziel. Er möchte ein Ninja werden und den Titel des Hokages erlangen, damit ihn jeder im Dorf anerkennt.

Um dies zu werden, muss er in die Ninja-Akademie gehen, wo er auf Sakura und Sasuke trifft. Ab diesem Zeitpunkt sind diese drei zu einem Team zusammengeschweißt. Um richtige Ninjas zu werden, müssen sie viele Prüfungen bestehen, in denen ihre Stärke und ihr Chakra (die Kraft für Spezialtechniken, die in jedem Körper vertreten ist) auf die Probe gestellt werden. Naruto, mit dem Ziel der Anerkennung, Sasuke, mit dem Ziel der Rache und Sakura mit dem Ziel der Liebe. Auf Ihrem Weg treffen sie viele interessante Charaktere und müssen ständig in Kämpfen bestehen.